Grandes hombres de nuestro terruño contribuyeron a la actividad inicial de la Institución donando libros o bien sus bibliotecas personales. En 1894 un incendio destruye parte del material que se poseía de aquellos primeros donantes. El terremoto de 1944 hace que también se pierda importante material. En la actualidad la Biblioteca posee un patrimonio de alrededor de sesenta mil libros que tratan de cubrir todas las áreas del saber.
Existe una sección, de aproximadamente tres mil títulos, denominada «Biblioteca sanjuanina», de gran interés pues es material referido a temas de la provincia de San Juan y sus departamentos y de autores sanjuaninos. Allí se incluye la casi totalidad de la producción literaria de D. Domingo Faustino Sarmiento y lo escrito sobre él por autores argentinos y extranjeros.
Posee además la biblioteca donada por el Dr. Henoch Aguiar que contiene un preciado material en Derecho Civil y toda la bibliografía consultada por el Dr. Dalmacio Velez Sarsfield para la confección del Código Civil Argentino.
La Hemeroteca tiene cuarenta títulos entre diarios y revistas, incluidas publicaciones locales y nacionales. Se ha convertido en una de las depositarias más importantes de la prensa escrita desde sus albores en la región; posee una valiosa colección de diarios y periódicos, fundamentalmente de nuestra provincia, con ejemplares únicos de fines del siglo XVIII y primera mitad de siglo XX, que representan parte del patrimonio cultural e histórico de la provincia, lo cual justifica el Programa de recuperación, conservación y difusión de este material. Para evitar su progresiva destrucción se está realizando su reconversión total a película apta para exhibición, a través de la microfilmación de las publicaciones.
Es la primera Biblioteca que utiliza esta técnica en San Juan, no siendo muchas en el país las que disponen de microfilmes y de elementos como para que el público pueda acceder cómodamente a estudiar documentos muy antiguos y deteriorados sin poner en peligro la integridad de los originales de papel. Se han microfilmado los diarios sanjuaninos que se detallan a continuación con recursos de la Biblioteca y subsidios de la CONABIP y del Programa de Microfilmación para Bibliotecas y Archivos Latinoamericanos de la Universidad de Harvard.
| Orden | Publicación | Estado de colección | Cantidad fotogramas |
| 1 | El Ciudadano | (1885-1892) | 2.880 |
| 2 | La Unión | (1886-1901) | 10.940 |
| 3 | La Libertad | (1893-1896) | 2.080 |
| 4 | La Provincia | ( 1896-1910 ; 30-31) | 10.120 |
| 5 | El Heraldo | (1901-1904) | 2.520 |
| 6 | La Ley | (1902-1907) | 3.740 |
| 7 | El Orden | (1905-1910) | 4.740 |
| 8 | La Reforma | 1924-29; 32-42; 46-48 | 31.605 |
| 9 | El Porvenir | (1937-1943) | 1.120 |
| 10 | El Zonda (facsimil) | (1839) | 80 |
| 11 | Diario Nuevo | (1915-1943) | 46.960 |
| 12 | San Juan | (1910-1913) | 1.400 |
| 13 | La Nueva Era | (1920-1921) | 1.890 |
| 14 | La Voz de Cuyo | (1929-1930) | 3.770 |
| TOTAL | 123.845 |
Estos 123.845 fotogramas están contenidos en 204 rollos de 35 mm, en cuadros de 33×45 mm, con su correspondiente copia. La reducción ha variado de acuerdo con el tamaño de los originales entre 13X y 19X. La lectura en ningún caso baja de 100 líneas por milímetro y el contenido de hiposulfito residual es menor a cuatro partes por millón, contraste medio de entre 0,90 x 1,10.
La Sociedad Franklin. Biblioteca Popular microfilma el patrimonio escrito de la cotidianeidad impresa para rescatar, conservar y difundir la memoria y la identidad de los sanjuaninos. Copia de esta colección de microfilmes se encuentra en la Biblioteca de la Universidad de Harvard, en la Biblioteca Doe, Berkeley de la Universidad de California, en la Biblioteca del Congreso de Estados Unidos, en la Biblioteca Hispánica de Madrid de la Agencia Española de Cooperación Internacional y en la Biblioteca del Iberoamerikanisches Institute de Berlín.
La Institución pretende poder microfilmar lo que resta de su colección de diarios de la provincia pertenecientes a la primera mitad del siglo XX, detalladas a continuación, encarando nuevos proyectos.
| Orden | Publicación | Estado de colección | Cantidad estimativa de fotogramas |
| 1 | El Porvenir | (1906-1920) | 17.780 |
| 2 | El Debate | (1911-1930) | 19.040 |
| 3 | El Zonda | (1923-1940) | 15.400 |
| 3 | El Noticioso | (1925-1928) | 7.420 |
| 5 | La Acción | (1937-1953) | 46.900 |
| 6 | Tribuna | (1931-1970) | 156.600 |
| 7 | Tribuna de la tarde | (1971-1983) | 46.800 |
| 8 | La Nueva ciudad | (1946-1947) | 3.600 |
| 9 | Diario de Cuyo | (1947- | 275.040 |
| Total | 588.580 |
A través de un Convenio de Asistencia y Cooperación firmado con la Biblioteca del Congreso de la Nación, el 17 de Junio de 2006, la Dirección de Planeamiento y Modernización de la Biblioteca del Congreso está microfilmando Diario Tribuna (1931-1983) de la colección de la Biblioteca.
Se propone, en un futuro, continuar microfilmando toda su colección, digitalizar el material microfilmado, almacenarlo en CD-ROM y además, colocar esta información en la página WEB de la Institución para su consulta.
Hay un área de medios audiovisuales y sala de video para exposición en caso de consultas masivas y/o conferencias.